Fost-au călugări luminați în bătrânele chinovii românești, care, pe lângă grija vieții duhovnicești, orânduiau școli de chilie sau de grămătici, aducând astfel poporului știință de carte. Așa s-a întâmplat și în vestita Mănăstire Neamț: încă din trecute veleaturi s-au ctitorit aici școli unde nu doar frații din mănăstire, ci și numeroşi mireni se instruiau în arta scrisului și a cititului, în a tipăriturilor ori a unor meșteșuguri precum sculptura, pictura, orfevrăria.
Zbuciumatele vremi străbătute de țara Moldovei în secolele XV-XVIII nu au îngăduit dezvoltarea unui învățământ chibzuit după rânduieli firești; cu toate acestea, chiar în astfel de potrivnice veleaturi călugării de la Neamț nu au tăgăduit importanța cunoașterii, trudindu-se din greu să-şi împlinească misiunea de a păstra cu multă osteneală școala nemțeană. Amintim doar de marele stareț cu viață sfântă Paisie Velicicovski, care a reușit să facă din străvechea chinovie unul din cele mai cunoscute și apreciate centre de duhovnicie și cultură din tot spațiul ortodox răsăritean. Deşi s-a vorbit de „şcoala” lui Ilarie din 1821 sau de a lui Neonil din 1834, o instituție de învățământ organizată după rânduielile legii s-a temeluit abia în anul 1843, primind numele ctitorului său, arhimandritul Neonil Buzilă. Cu dascăli erudiți, formați la vestite şcoli din însorita Eladă ori din apusul Europei, deși firavă, ea a devenit curând foarte râvnită. Numeroşi stareți din întreaga Moldovă își trimiteau aici ucenici, dar şi câţiva boieri, pe copii lor, ca să primească învățătură bună și folositoare, ori să deprindă scrisul și cititul. Şcoala a funcţionat cu trei clase şi trei profesori; se studiau ştiinţele religioase şi limba elină, regulile liturgice şi muzica psaltică. Opisurile vremii dovedesc că în acea perioadă un număr de peste 50 de elevi au frecventat instituţia numită ulterior de istoricul Nicolae Iorga „școala greco-românească de la Mănăstirea Neamț”. Dintru început, ea nu a avut un spațiu potrivit, ci s-a folosit de arhondaricul chinoviei; la rându-i, era mai degrabă o bolniță unde primeau îngrijire călugării osteniți de dureri ori împovărați de numărul anilor.
De aceea hăruitul stareț nemțean Neonil, cel iubitor de carte și de popor, a zidit, cu cheltuiala mănăstirii, un corp special de clădiri, pe locul actualului seminar; la început, ele au servit tot drept bolniță, dar apoi au găzduit în condiții prielnice școala teologică nemțeană. Ca oarecând înțeleptul Vasile cel Mare, care a durat o biserică în centrul tuturor așezămintelor sociale și culturale făurite de el în Cezarea Capadociei, milostivul călugăr nemțean a ridicat o biserică, purtând hramul Sfântul Pantelimon, în mijlocul dependințelor școlii, dorind a pecetlui în sufletele și-n mințile seminariștilor de atunci și de mai târziu că Hristos, Domnul istoriei, guvernează toate, fiind „lumina lumii, care luminează tuturor”.
Neogoitele zile ale anului 1848 au dus la restrângerea activității didactice, dar, luându-se în considerare necesitatea propășirii ei, s-au depus eforturi considerabile în vederea continuării învăţământului teologic atât de trebuincios nu doar chinoviilor moldave, ci și tinerilor mireni, dornici să-și dedice viața slujirii dumnezeiescului altar. În această perioadă s-au hotărnicit planuri de reorganizare, evidențiindu-se contribuția fraţilor Filaret şi Neofit Scriban, susținuți atât de soborul Mănăstirii Neamț, cât şi de starețul ei, Dionisie Romano, un călugăr vizionar, iubitor de cultură și înflăcărat patriot. Binecuvântat de Mitropolitul Sofronie Miclescu, comitetul director a primit voievodalul edict de înființare a Seminarului Teologic de la Mănăstirea Neamț, semnat de Domnitorul Grigore Alexandru Ghica, la 2 martie 1855. După noile reglementări, seminarul cuprindea trei cicluri: normal, secundar şi teologic – corespunzătoare etapelor de învăţământ: primar, gimnazial şi liceal. Hrisovul de înființare legiuia și programa analitică a celor trei secţiuni, precum şi diferite dispoziţii regulamentare privind buna funcționare a noii instituții. Partea ştiinţifică a fost aşezată sub oblăduirea unei epitropii compuse din Mitropolit, ministrul Cultelor şi Instrucţiunii Publice şi inspectorul general al şcolilor, care veghea la buna desfășurare a actului educațional. Cursurile se ţineau în limba română; pe lângă limbile clasice prevăzute în programe, s-a dat posibilitatea a se înfiinţa şi catedre pentru învăţarea limbilor moderne. Disciplinele teologice stăteau sub directa supraveghere a vlădicului de la Iași; celelalte materii din clasele primare şi gimnaziale cădeau atât în grija chiriarhului, cât și a Departamentului Instrucţiunii Publice, spre pecetluirea unui caracter unitar cu al şcolilor din țară. În fiecare an, autoritatea conducătoare a Seminarului urma să trimită Departamentului Cultelor şi Instrucţiunii Publice, precum şi Epitropiei teologice, o situaţie clară asupra mersului lucrurilor. Ca să asigure numărul de elevi necesari unei bune desfășurări a activității didactice, Epitropia seminarului hotăra înfiinţarea unui nou internat. Tot pentru buna rânduire a învăţării s-a înzestrat tipografia mănăstirii cu cele trebuincioase tipăririi și de cărți în limbi străine. Cât privește edificiul propriu-zis, el beneficia de un spaţiu generos; pe faţadă fusese amplasată o Evanghelie mare, din piatră cioplită, pe care scria cu slove aurite: „Eu sunt Lumina lumii”. După doar un an, toate arătau corect chibzuite – așa reiese din darea de seamă întocmită de starețul Dionisie Romano către Domnitorul Grigorie Alexandru Ghica, care a vizitat Mănăstirea Neamţ în luna februarie 1856. Străjuit de vrednici cârmuitori, cu dascăli bine instruiți, seminarul a devenit în scurt timp o instituţie de referință din întreaga Moldovă, ancorată în realitățile istorice, spirituale și administrative ale vremii. Dintre elevii primelor promoții, s-au remarcat oameni de vază ai lumii eclesiastice și culturale românești: Conon Arămescu Donici – Mitropolit primat al României, Narcis Creţulescu – arhiereu, profesor şi rector al Seminarului din Huşi, Ion Negre – profesor, Alexandru Podoleanu – profesor de muzică, dirijor şi compozitor.
Din pricina secularizării averilor mănăstirești din 1863-1864, seminarul nemțean a trecut printr-o nouă încercare. Lipsit de posibilități materiale pentru o firească orânduire, și-a restrâns activitatea, funcționând doar în câteva încăperi din incinta mănăstirii. Edificiul seminarial a fost pus la dispoziția direcţiei sanitare zonale, care a organizat aici un ospiciu, unde în 1886-1887 s-a internat și poetul Mihai Eminescu. Lipsa spațiului adecvat desfășurării procesului educațional se simțea din ce în ce mai acut. De aceea, după Primul Război Mondial, cu eforturi susținute, la data de 15 octombrie 1925, școala teologică revenea în locul destinat de vrednicii ei ctitori, de astă dată îmbunătățit prin contribuția starețului de atunci al lavrei nemțene, Episcopul Nicodim Munteanu, viitorul Mitropolit al Moldovei şi Patriarh al Bisericii Ortodoxe Române. Școala de cântăreți bisericești de patru clase, inaugurată în această perioadă și ființând pe lângă seminar, din 1937 a trecut sub directa jurisdicţie a Mitropoliei Moldovei cu titulatura: „Şcoala de Muzică Bisericească”.
Devastatorul incendiu din 14 octombrie 1938, care a transformat clădirile și paraclisul seminarului într-un morman de moloz, a înscris o pagină tristă și dureroasă în istoria vestitei școli teologice de la Neamț. Cuvintele mobilizatoare ale Mitropolitului Moldovei, Nicodim Munteanu, au fost de fapt stindardul lucrărilor ulterioare: „asta a fost voia lui Dumnezeu; pe temelia ei, tot El ne va ajuta să zidim o altă clădire şi mai mândră”. Așa s-au și petrecut lucrurile, căci în decursul a doi ani, peste fundațiile vechilor zidiri s-au ctitorit altele, ridicându-se etaj cu paraclis, tot în cinstea Sfântului Mucenic Pantelimon, apoi săli spațioase de cursuri, ateliere, dormitoare, băi, bucătărie și sală de mese. Toate aceste realizări s-au constituit într-un suflu nou și înnoitor pentru bunul mers al instituţiei, numită acum „Seminarul Monahal Superior Nicodim Munteanu”.
Instaurarea regimului comunist în România, după 1947, a reprezentat pentru Seminarul de la Neamț o nouă piatră de hotar: imixtiunile sistemului totalitar ateu au dus la îngreunarea procesului de învățământ teologic, dar și la încercarea de politizare a lui. Cu jertfelnică osteneală, preoții profesori au lucrat cu aceeași dăruire a înaintașilor în acest laborator de formare a sacerdoților Bisericii, încercând ca elevii seminariști să simtă cât mai puțin ororile regimului comunist, dar să se și formeze ca demni slujitori ai sfintelor altare, în condiții deloc prielnice, impuse de regimul aflat la cârma țării până-n 1990.
După 1990, școala teologică nemțeană a cunoscut prefaceri binecuvântate și îndeaproape supravegheate de noul cârmuitor al Bisericii lui Hristos din bătrâna Moldovă, Înaltpreasfințitul Mitropolit Daniel, actualul Patriarh al Bisericii Ortodoxe Române. La inițiativa sa, Seminarul de la Neamț a primit un nou nume: „Veniamin Costachi”, amintind de marele și luminatul Mitropolit care, în 1803, fonda la Iași prima școală teologică din Moldova, desființată de regimul comunist în 1948. Prin aceasta, chiriarhul a dorit să lege tradiția învăţământului teologic nemțean cu cea instituită la Iași de luminatul vlădică, crescut duhovnicește la școala lui Paisie Velicicovschi, vestitul stareț și cărturar al Lavrei nemțene.
Noua denumire a instituției a fost însoțită de un suflu nou, animat de dorința chiriarhului de a imprima seminarului un rol definitoriu în spațiul învățământului teologic românesc. Un nou corp profesoral, dinamizarea activității liturgice, îmbunătățirea substanțială a bazei materiale – iată doar câteva din premisele de la care s-a pornit iarăși la drum, împletindu-se tradiționalul cu aspectul dinamic şi modern.
Din aceeași strategie vizionară a Mitropolitului Daniel a făcut parte și înființarea în clădirile Seminarului a Academiei Ortodoxe „Sfântul Ioan de la Neamț”, centru de spiritualitate și cultură ortodoxă, menit să intensifice locul și rolul mirenilor în activitățile cultural-misionare ale Bisericii; dintre obiective, se evidențiază cunoașterea spiritualității ortodoxe în dialog ecumenic şi internațional, promovarea dialogului dintre teologie şi cultură, promovarea activității pastoral-filantropice a Bisericii Ortodoxe în societatea românească, multiple activități pastoral-educative cu tineretul din țară şi străinătate.
Un alt moment de referință din istoria școlii teologice nemțene de după 1990 l-a constituit construirea bisericii Sfântul Ioan Iacob de la Neamț, hărăzită de Patriarhul Daniel – pe atunci Întâistătătorul Mitropoliei Moldovei și Bucovinei – care a și a sfințit locul ei la 5 august 1994, spre a fi „laborator de înviere pentru suflete şi oglindă a frumuseții evlaviei izvorâtă din credință dreaptă”. Lucrările s-au finalizat în 1997, când un sobor impresionat de arhierei, preoți și diaconi, avându-l în frunte pe Sanctitatea Sa Bartolomeu I, Patriarhul Constantinopolului, a sfințit noul locaș de cult. Pictura interioară a sfințit-o tot Părintele Patriarh Daniel, în 2009, iar cea exterioară, care a făcut ca biserica seminarului să primească numele de „Voronețul nemțean”, a fost sfințită în 2015 de actualul Mitropolit al Moldovei, Înaltpreasfințitul Părinte Mitropolit Teofan.
Din 1990, lucrările de înnoire și dotare cu logistică a școlii de la seminarul nemțean reprezintă o preocupare constantă a direcțiunii ei, având ca scop ultim crearea unui cadru logistic spiritual și material, pentru instruirea elevilor seminariști.